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L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée à l’échelle de la cellule, de l’organe jusqu’à la plante entière. L’IPS2 applique une approche multidisciplinaire en combinant la génomique/epigénomique, la biologie cellulaire, la bio-informatique, la biochimie, la génétique, et la physiologie, développe des outils de modélisation indispensables pour une biologie prédictive, et facilite la recherche translationnelle des espèces modèles aux espèces cultivées. L'IPS2 est la résultante d’une importante restructuration et unification en 2015 de 3 des 4 instituts impliqués dans le Laboratoire d’Excellence / Ecole Universitaire de Recherche Sciences des Plantes de Saclay (SPS). La création de l’'IPS2 a permis de mieux structurer les activités de recherche, de formation et d’innovation en accord avec les objectifs de SPS. L’institut favorise aussi l'implication de ces équipes dans des projets innovants avec des partenaires industriels et/ou des instituts techniques, et accueille différentes start-ups, afin qu'IPS2 contribue à l’agriculture de demain. L'IPS2 héberge quatre plateformes regroupant ainsi différentes installations et différents savoir-faire dédiées aux plantes : la plateforme EPITRANS avec des activités de biologie translationnelle (grandes collections de TILLING en tomate, melon, concombre...) et d’épigénomique (analyses épigénomiques telles que DAP-seq, ATAC-seq et autres) sur les plantes cultivées; la plateforme POPS (transcriptomique) ; la plateforme Interactome (interactomique, interactions protéines-protéines) et la plateforme Métabolime-Métabolome. IPS2 : cliquer ICI Ces plateformes prennent régulièrement RDV avec vous au travers de FOCUS PLATEFORME. Profitez de cette brève pour découvrir à nouveau un éclairage sur leurs expertises, leurs équipements et leurs offres de collaborations ou de prestations ! Contacts : i) IPS2 / EPITRANS ii) IPS2 / Plateforme de transcriptOmique (POPS) iii) IPS2 / Plateforme Métabolisme Métabolome iv) IPS2 / Plateforme Interactomique (SPOmics-Interactome)
La composition du microbiote intestinal, influençant le tonus immunitaire, est associé au pronostique dans le mélanome (Gopalakrishnan et al. 2018; Chaput et al. 2017; Matson et al. 2018; Lee et al. 2022; McCulloch et al. 2022). Dans l'essai clinique randomisé (2:1) en double aveugle de phase III MIND-DC (NCT02993315), 148 patients atteints d'un mélanome localisé (stages IIIB/C) ont reçu un traitement adjuvant par cellules dendritiques naturelles autologues (nDC) ou placebo (Bol et al. 2024). Les chercheurs de l’Unité UMR-S 1015 Immunologie des tumeurs et immunothérapie (INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) ont piloté la recherche translationnelle de cette étude dans le cadre du consortium européen ONCOBIOME. Ils démontrent que l'interaction hôte-microbiote-métabolisme peut jouer un rôle dans le pronostique des patients avec un mélanome localisé, et les résultats ont été publié dans la revue Nature Communications. Au total, les échantillons de sérum (n=144) et de selles (n=88) ont été collectés pour réaliser la métabolomique (MB) par spectrométrie de masse et le séquençage shotgun métagénomique (MG), respectivement. Ils démontrent que des taux réduits de l’acide biliaire primaire acide cholique ou de Faecalibacterium prausnitzii, et inversement des taux élevés de lipides et d'acylcarnitines sont associés à une diminution de la survie sans rechute, en particulier dans le bras nDC. Malgré la randomisation, les patients dans le bras nDC présentaient un biais MG et MB : sous-représentation de F. prausnitzii et perturbations des acides biliaires. La présence de F. prausnitzii dans les selles anti-corrèle aux acylcarnitines et lipides circulants et la combination des biomarqueurs MB-MG a permis de mieux stratifier les patients. Le profilage systématique MG et MB dans des essais randomisés permettrait d’éviter les différences au départ attribuée aux interactions hôte-microbiote-métabolisme. Contact: alvescscarolina@gmail.com
Le bacille responsable de la tuberculose, le complexe Mycobacterium tuberculosis, trouve son origine dans les populations humaines d'Afrique du Paléolithique. Il s'y est diversifié avant de s'exporter vers l'Océanie, l'Asie et l'Europe. Neuf lignées majeures infectant l'homme avaient été identifiées jusqu'ici, sur la base d'empreintes génétiques. Dans une étude parue dans Emerging Infectious Diseases, ce sont les données de séquençage de génome complet, leur compilation au sein d'une base de données de plus de 100 000 génomes appelée TB-Annotator, et des méthodes de reconstruction phylogénétique qui ont permis à Guislaine Refrégier, Adrien Le Meur (Laboratoire Écologie, Systématique et Évolution -ESE, équipe GEE, CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), Christophe Sola, et leurs collaborateurs du laboratoire FEMTO (CNRS-Université de Franche-Comté) d'identifier une nouvelle lignée. Elle est apparentée aux 3 lignées endémiques de l'Afrique dont les 2 majeures, L5 et L6, sont surtout trouvées en Afrique de l'Ouest tandis que la 3ème, plus rare, L9, se trouve en Afrique de l'Est. Cette lignée L10 a été retrouvée uniquement en Afrique Centrale et chez des personnes qui en sont originaires. La localisation de la L10 déplace le barycentre de la super-lignée dénommée Mycobacterium africanum vers le centre de l'Afrique. En outre, l'existence d'une nouvelle lignée rare en Afrique suggère que plusieurs autres lignées pourraient encore s'y transmettre à bas bruit. Cette région est ainsi un réservoir de biodiversité du bacille tuberculeux. La rareté de ces nouvelles lignées et leur composition génomique sont cependant pour l’instant rassurantes : on peut les détecter ainsi que leurs résistances aux antibiotiques avec les outils classiques de surveillance de la maladie. Légende Figure : Carte de l'Afrique montrant la distribution des lignées appartenant à la super lignée Mycobacterium africanum. Cette carte, reconstruite avec le logiciel QGIS, localise 132 échantillons représentatifs de la diversité géographique et génétique de M. africanum telle que disponible dans les bases de données. La représentation géographique est impactée par un moindre échantillonnage en Afrique centrale. La seule souche L10 localisée (République Démocratique du Congo, RDC) signalée dans la base de données NCBI SRA est représentée en rouge. L'astérisque rouge indique la République du Congo (RC) où une autre souche L10 a été isolée selon la base de données des empreintes génétiques de type spoligotypage SITVITWEB. Notons que la Belgique, où la troisième souche L10 a été collectée, a colonisé la RDC par le passé et est un lieu privilégié de l’immigration en provenance de l’Afrique centrale. Cette carte montre que malgré de nombreuses données manquantes en Afrique centrale, cette région dans son ensemble accueille une large diversité de lignées de M. africanum et pourrait en être le berceau. Contact : guislaine.refregier@universite-paris-saclay.fr
Les modifications de la chromatine, en particulier l'acétylation des histones, jouent un rôle important dans la régulation de l'expression des gènes en réponse aux changements environnementaux. L'acétylation des histones est une modification covalente par l'histone acétyltransférase (HAT), avec l'acétyl-CoA comme substrat. Outre les histones, un grand nombre de protéines impliquées dans de différentes voies cellulaires subissent également des modifications par acétylation. L'acétyl-CoA utilisé pour l'acétylation des protéines est principalement dérivé du métabolisme des sucres. Des études antérieures ont montré que le niveau de métabolisme énergétique cellulaire affecte les modifications de la chromatine et l'expression des gènes associés. Par exemple, lorsque les niveaux d’énergie des cellules sont élevés, le degré d’acétylation de la chromatine augmente, stimulant ainsi l’expression des gènes liés à la prolifération cellulaire et favorisant la division cellulaire. En revanche, dans des environnements de stress où les niveaux d'énergie cellulaire diminuent, l’homéostasie de l'acétylation des histones est maintenue, même avec des niveaux d’acétylation augmentés sur des gènes liés au stress. Actuellement, le mécanisme sous-jacent reste flou. GCN5 est une HAT principale dans le noyau des cellules végétales. Cette enzyme peut former le complexe dit « SAGA » avec des protéines adaptatrices telle qu’ADA2. ADA2 peut renforcer la capture de l'acétyl-CoA par la HAT GCN5 pour acétyler les histones dans la chromatine. Dans une étude publiée dans Nature Plants dirigée par le Professeur Dao-Xiu Zhou à l’IPS2 (CNRS/INRAE/UPSaclay/UEVE/UParis, Gif-sur-Yvette), et réalisée en collaboration avec la Huazhong Agriculture University (Chine), les auteurs ont trouvé que GCN5 peut aussi acétyler plusieurs résidus lysines de la protéine ADA2. L'acétylation d’ADA2 affecte sa stabilité et son accumulation. En fait, ADA2 acétylée est ciblée spécifiquement par une ubiquitine ligase E3, conduisant à sa dégradation. Ensuite, les auteurs ont découvert qu’ADA2 est acétylé lorsque le niveau cellulaire de l’acétyl-CoA est élevé, donc moins accumulé ; mais en condition de stress ou le niveau du cofacteur est bas en raison de la limitation du métabolisme énergétique, ADA2 est moins acétylée mais plus accumulée dans la cellule. Il a été constaté que quand le niveau d'acétyl-CoA est élevé, l'activité de GCN5 pour acétyler les histones ne dépend pas d’ADA2 ; mais quand le niveau d’acétyl-CoA est faible notamment en condition de stress, ADA2 est nécessaire pour maintenir l’activité de GCN5. Cela a été observé in vitro et in vivo dans des plantes sauvage et mutantes, cultivées dans de différentes conditions. Ces résultats indiquent que l'acétylation d’ADA2 qui détecte les variations de l'acétyl-CoA cellulaire est un mécanisme pour réguler l’activité de GCN5 afin de maintenir homéostasie de l’acétylation des histones chez les plantes dont les conditions de croissance sont changeantes. Contact : dao-xiu.zhou@université.Paris-saclay.fr
Pour comprendre pleinement la régulation des gènes, il est nécessaire d'avoir une compréhension approfondie à la fois du transcriptome et des activités enzymatiques et de liaison à l'ARN qui le façonnent. Bien que l’avènement de l’ARN-Seq soit allé de pair avec le développement de nombreux outils dédiés à l’analyse du transcriptome, la plupart de ces outils ne considèrent que l'abondance des lectures de séquençage le long de motifs annotés (tels que les gènes). Malheureusement, ces annotations sont très souvent incomplètes, ce qui conduit à des erreurs dans les analyses d'expression différentielle. Pour répondre à ce problème, les équipes OGE et GNET de l’IPS2 (CNRS/INRAE/UPSaclay/UEVE/UParis, Gif-sur-Yvette), avec le soutien du Phenoscope, de la plateforme POPS et du LaMME, ont publié dans NAR Genomics and Bioinformatics DiffSegR, un package R qui permet de découvrir les différences d'expression à l'échelle du transcriptome entier entre deux conditions biologiques en utilisant des données d'ARN-Seq. DiffSegR ne nécessite pas d'annotation préalable et utilise un algorithme de détection de ruptures pour identifier les limites des régions exprimées de manière différentielle en analysant le log2 du rapport entre les niveaux d'expression des deux conditions étudiées par paire de base. En quelques minutes de calcul, DiffSegR a pu prédire avec justesse les rôles des ribonucléases chloroplastiques Mini-III et PNPase dans la maturation de l'ARNr et la dégradation en 3' et en 5' des précurseurs d'ARNm, d'ARNt et des introns excisés. DiffSegR devrait être utile aux biologistes utilisant la transcriptomique car il permet d'accéder à des informations provenant d'une couche du transcriptome négligée par les « pipelines » d'analyse de l'expression différentielle classiquement utilisés aujourd'hui. DiffSegR est disponible à cette adresse. Contact : guillem.rigaill@ips2.universite-paris-saclay.fr
Des équipes du département d’hématologie de l’hôpital Necker-Enfants malades AP-HP, du centre d’épidémiologie clinique de l’hôpital Hôtel-Dieu AP-HP, du département de rhumatologie de l’hôpital Bicêtre AP-HP, de l’Inserm, d’Université Paris Cité, de l’Institut Imagine, et de l’Université Paris-Saclay, coordonnées par les Prs Olivier Hermine, Raphaël Porcher et Xavier Mariette, ont étudié l’utilisation des immunomodulateurs chez les patients immunodéprimés atteints de pneumonie suite à un Covid-19 sévère ou critique. Les résultats de cette étude ont fait l’objet d’une publication parue le 9 février 2024 dans la revue Lancet eClinical Medicine. Lire le communiqué de presse Contact : xavier.mariette@aphp.fr
Le 1er mars, la chancellerie des universités de Paris a annoncé les 18 lauréats des subventions « legs Poix », d’un montant total de 350 000 euros. Quatre docteur·es et un professeur, issus de la communauté de l’Université Paris-Saclay, ont été récompensés. - Etienne Giroux Leprieur, professeur des universités en pneumologie au sein de l’Université de Versailles-SQY et chercheur au Laboratoire biomarqueurs et essais cliniques en cancérologie et onco-hématologie (BECCOH UPSaclay/UVSQ), est récompensé pour son projet « Vaccination prophylactique à ARN messager ciblant les cellules souches cancéreuses sur modèle murin syngénique de cancer bronchique non à petites cellules ».
- Fabrice Antigny, docteur ayant effectué sa thèse au laboratoire Hypertension pulmonaire : physiopathologie et innovation thérapeutique (UMR-S 999 INSERM/UPSaclay, Le Plessis-Robinson) sous la direction de Marc Humbert, doyen de la Faculté de médecine de l’Université Paris-Saclay, est récompensé pour son projet « lmplication du canal CFTR dans le développement de l'hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) ».
- Christophe Guignabert, docteur ayant effectué sa thèse au laboratoire Hypertension pulmonaire : physiopathologie et innovation thérapeutique (UMR-S 999 INSERM/UPSaclay, Le Plessis-Robinson) sous la direction de Marc Humbert, doyen de la Faculté de médecine de l’Université Paris-Saclay, est récompensé pour son projet « Les Activines dans la Microvasculopathie de l’Hypertension Pulmonaire Thromboembolique Chronique : Implication et Potentiel en tant que Cibles Thérapeutiques ».
- Hélène Salvator, docteure ayant effectué sa thèse au Laboratoire virologie et immunologie moléculaires ((VIM UPSaclay/INRAE/UVSQ) sous la direction d’Isabelle Schwartz, chercheuse au sein du VIM et responsable de l’équipe Vaccins, immunopathologie, immunomodulation (V2I), est récompensée pour son projet « Déterminants biologiques de l'hétérogénéité des maladies induites par les autoan7corps an7-GM-CSF (Bio-GMaB) ».
- Stéphane Vinit, docteur ayant effectué sa thèse au Laboratoire Handicap neuromusculaire : physiopathologie, biothérapie et pharmacologie appliquées (END-ICAP UPSaclay/INSERM/UVSQ) sous la direction de Marcel Bonay, professeur des universités en pneumologie et praticien hospitalier, est récompensé pour son projet « Effet de la stimulation magnétique répétée sur la ventilation dans un modèle de contusion médullaire cervicale chez la souris ».
Dans son testament, rédigé en 1952, le docteur Gaston Poix avait initialement institué la Faculté de médecine de Paris, comme légataire universelle, en formulant des vœux précis sur l’utilisation de son legs : les revenus issus des placements devaient être mis « à la disposition de chercheurs dans les domaines de la phtisiologie et de la pneumologie ». Depuis 1971, la chancellerie des universités de Paris est en charge de la gestion du « Legs Poix ». Pour l’année 2024, des subventions de 10 000 à 35 000 euros ont été accordées, pour un montant total de 350 000 euros réparti entre 18 lauréats issus de 6 établissements de recherche.
Les petits-déjeuners de l’écosystème PSCC : Rencontrez les acteurs de l’innovation en oncologie ! Découvrez leur expertise et leur offre aux projets innovants Nous avons le plaisir de vous inviter à participer au « petit-déjeuner de l’écosystème » du PSCC, qui aura lieu mardi 19 mars en mode hybride. A l’occasion de cet événement, nous serons ravis d’accueillir Christophe Lautrette, Président chez Oncomedics. Il présentera le test fonctionnel Oncogramme, une innovation pour un diagnostic personnalisé du cancer afin d'améliorer les chances d'efficacité des combinaisons de traitements pour chaque patient. Ne manquez pas cette rencontre dans le cadre d’un petit-déjeuner convivial propice aux échanges. Pour vous inscrire, merci de suivre ce lien
RAPPEL ! Les Lundis de l'IPSIT - Lundi 18 mars 2024 : "Start-ups et aventures entrepreneuriales Deep-Tech Santé à Paris-Saclay"
Séminaire des Lundis de l'IPSIT le : Lundi 18 mars 2024, de 9h15 à 12h30, Université Paris-Saclay - Bâtiment Henri Moissan - 17, avenue des Sciences, 91400 ORSAY (Salle 2004 - HM1 recherche - 2e étage) Pour vous inscrire, envoyer un mail à : nadine.belzic@inserm.fr Programme : - 9h15 - 9h30 Accueil des participants
- 9h30 - 10h Kenza Belhaj (SATT Paris-Saclay, Directrice Investissement Science de la vie) : « « Vous souhaitez transférer votre techno, et recherchez un financement et un accompagnement d’experts, la SATT Paris-Saclay est là pour répondre à vos besoins ! »
- 10h - 10h40 Bruno Figadère (BioCIS, UMR_8076, CSO CicaNeuro) : « CicaNeuro, une start-up pour le développement de petites molécules contre les maladies neurodégénératives »
- 10h40 - 11h10 Pause-café - Discussions
- 11h10 - 11h50 Diane-Laure Pages (Gustave Roussy, COO Orakl Oncology): « Orakl Oncology, une startup deeptech créant des avatars de tumeurs de patients pour transformer la découverte de nouveaux traitements »
- 11h50 - 12h30 Daniel Gillet (SIMoS, DMTS, JOLIOT CEA Saclay, CSO DETERA Therapeutics): « DETERA Therapeutics: pour un traitement contre la glomérulonéphrite à croissant »
Via Life Sciences UPSaclay
Bienvenue à tous les amateurs de BioAnalyse du plateau Paris Saclay ! (BioAnalyse au sens de l’analyse de données expérimentales biologiques par un expert biologiste en utilisant les outils informatiques à sa disposition). Le 21 mars2024, 12h30, le Rendez-Vous BioAnalyse se tiendra
dans la Salle bleue de l’I2BC et nous accueillerons Philippe Benech (CEA de Saclay) qui nous parlera de : "Interprétation fonctionnelle des données biologiques: qu'attendre d'un logiciel ?" Inscription obligatoire
Via Life Sciences UPSaclay
L'école d'été aura lieu du 24 juin au 5 juillet 2024. Le programme propose un enseignement de base et des enseignements approfondis en méthodologie et applications pour répondre aux besoins des professionnels de la santé, décideurs, médecins, chercheurs.
Les Lundis de l'IPSIT - Lundi 29 avril 2024 : « Nouveaux vaccins et modes de vaccination »
Séminaire des Lundis de l'IPSIT le : Lundi 29 avril 2024, de 9h15 à 12h15 Université Paris-Saclay - Bâtiment Henri Moissan - 17, avenue des Sciences, 91400 ORSAY (Salle 2004 - HM1 recherche - 2e étage) Pour vous inscrire, envoyer un mail à : nadine.belzic@inserm.fr Programme : - 9h15 - 9h30 Accueil des participants
- 9h30 - 10h15 Roger Le Grand (Head of Research Center UMR1184/IDMIT Department "Immunology of viral infections and auto-immune diseases" & head of “Infectious disease models for innovate therapies” -IDMIT- research infrastructure, Fontenay-aux-Roses) : « Mécanismes d’action des vaccins, implications pour le développement de nouvelles stratégies d’immunisation »
- 10h15 - 10h45 Pause-café - Discussions
- 10h45 - 11h30 Maël Bessaud (Directeur du Centre Collaborateur de l'OMS-CCOMS- de Recherche sur l’épidémiologie et la macro-évolution des poliovirus et des entérovirus non-polio, Unité Populations virales & pathogenèse, Institut Pasteur, Paris) : « Déploiement d’un nouveau vaccin oral dans le cadre du programme d’éradication des poliovirus »
- 11h30 - 12h15 Didier Berbeder (CEO & CSO VAXINANO Biotech, Start-up, Lille) : « Développement d’un vaccin contre la toxoplasmose administré par voie nasale à l’aide de nanoparticules »
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Une étude publiée dans The New Phytologist, réalisée dans le cadre de la thèse de Colin Clairet, sous la direction de Jessica Soyer et d’Isabelle Fudal au sein de l’unité BIOGER (INRAE/UPSaclay, Campus Agro Paris-Saclay, INRAE Palaiseau), a permis de caractériser la façon dont est contrôlée l’expression des effecteurs d’un champignon phytopathogène au cours de l’infection de sa plante hôte. Les effecteurs sont des molécules sécrétées par l’agent pathogène qui facilitent l’infection de sa plante hôte et l’établissement de la maladie. Ces effecteurs sont produits de façon concertée au cours de l’infection. Cependant, on sait peu de choses sur la manière dont l'expression des gènes codant ces effecteurs est régulée. Comme une partie de ces gènes est localisée dans des régions riches en éléments répétés, le rôle du remodelage de la chromatine dans leur régulation a été récemment étudié, établissant notamment que la marque hétérochromatinienne H3K9me3 (triméthylation de la lysine 9 de l’histone 3), mise en place par la méthyltransférase KMT1, était impliquée dans le contrôle de l’expression d’effecteurs chez plusieurs champignons phytopathogènes. Cependant, cette régulation chromatinienne ne permettait pas, à elle seule, d’expliquer l’induction d’expression des effecteurs au moment de l’infection, suggérant qu'un second niveau de régulation, impliquant probablement un facteur de transcription spécifique, était nécessaire. Chez Leptosphaeria maculans, un champignon de la famille des Dothideomycetes causant la nécrose du collet du colza, les chercheurs ont identifié l'orthologue de Pf2, un facteur de transcription appartenant à la famille Zn2Cys6 spécifique aux champignons, et décrit comme essentiel à la pathogénie et à l'expression des gènes codant des effecteurs. Les chercheurs ont étudié son rôle conjointement avec KMT1, en inactivant et en surexprimant LmPf2 dans une souche sauvage et dans un mutant inactivé pour KMT1. Les analyses fonctionnelles et transcriptomiques des transformants correspondants ont mis en évidence un rôle essentiel de LmPf2 dans l'établissement de la pathogénie et un effet majeur sur l'induction de l'expression des effecteurs une fois la répression exercée par KMT1 levée. Ces résultats montrent, pour la première fois, l’implication d’un double contrôle dans l'expression des effecteurs fongiques. Contact : jessica.soyer@inrae.fr ou isabelle.fudal@inrae.fr
La myélofibrose (MF) primaire ou secondaire est la maladie la plus sévère des néoplasmes myéloprolifératifs BCR::ABL-négatifs. Elle correspond à une dérégulation de la mégacaryopoïèse (processus de génération des plaquettes) et à l'envahissement de la moelle par du tissu fibreux via le TGFb1. Dans la majorité des cas, elle est due à la mutation conductrice JAK2V617F. À ce jour, la transplantation allogénique est la seule thérapie efficace, il est donc essentiel de développer des nouveaux modèles précliniques pour identifier de nouvelles thérapies. L’équipe d’Hana Raslova et Isabelle Plo de l’UMR-S 1287 (INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) a généré un modèle murin permettant l’induction rapide et homogène de la MF, normalement obtenue de façon lente et hétérogène avec la mutation Jak2V617F seule, en la combinant à la délétion de l’inhibiteur du cycle cellulaire, p19Ink4d. L’équipe avait précédemment montré le rôle de la délétion de p19 dans la ploidization des mégacaryocytes (MKs) ; cellules qui représentent le principal réservoir du facteur de croissance TGFb1. Les résultats montrent, dans ce nouveau modèle, une accélération de la MF due à l’amplification des MKs de très haute ploïdie par rapport à Jak2V617F seul. Ces MKs sont localement activés dans la moelle osseuse et secrètent de façon anormale des protéines stockées dans leurs granules, y compris le TGFb1 qui une fois activé déclenche le développement rapide de la MF. A contrario, le traitement de ces souris par du palbociclib, un inhibiteur de CDK4/CD6, empêche le développement de la MF en réduisant la ploïdie des MKs et en diminuant la sécrétion de TGFb1. De plus, le palbociclib cible plus spécifiquement les progéniteurs Jak2V617F mutés suggérant que l’axe p19/CDK4/CDK6 représente une cible thérapeutique prometteuse pour les patients. Ce travail, publié dans Leukemia, met en lumière un nouveau modèle d’étude de la MF et une nouvelle cible thérapeutique. Légende Figure : p19Ink4d régule les arrêts des endomitoses des mégacaryocytes (MKs). Son expression est diminuée dans le contexte de mutation Jak2V617F ce qui conduit à l’amplification de progéniteurs MK (MK-P), l’augmentation de ploïdie des MKs suivie d’une augmentation de sécrétion de TGFb1 et du développement de fibrose tardive. En absence de p19, ce phénotype est accentué ce qui accélère le développement de la fibrose. Palbociclib, l’inhibiteur de CDK4/CDK6, corrige ce phénotype et empêche le développement de la fibrose. Contact : hana.raslova@gustaveroussy.fr
Dans une étude publiée dans Thorax, Bénédicte Leynaert de l’équipe d’Epidémiologie Respiratoire Intégrative du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 Inserm/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) a collaboré avec des chercheurs de l’Imperial College pour étudier les relations entre le niveau de testostérone et la fonction respiratoire, chez les hommes et les femmes de la cohorte UKBiobank. Quelques études indiquaient qu’un niveau de testostérone plus élevé était associé à une meilleure fonction respiratoire, chez les hommes. Pour tester la causalité de cette association, les chercheurs ont utilisé une méthode de Randomisation Mendélienne (RM), qui utilise des variants génétiques comme indicateurs non-biaisés de l’exposition (ici le niveau de testostérone). Cette méthode nécessite que plusieurs hypothèses soient vérifiées dont notamment l’absence de « pléiotropie » ; c’est-à-dire, ici, que les variants génétiques ne devaient pas impacter la fonction respiratoire par d’autre mécanismes que le niveau de testostérone. Les chercheurs ont mené plusieurs analyses afin de tester l’existence de pléiotropie, et ont utilisé un modèle qui prenait en compte à la fois les niveaux de testostérone et de « SHBG » (pour Sex hormone-Binding Globulin). Au final, cette étude montre que la testostérone a un effet bénéfique sur la fonction respiratoire, chez les hommes (particulièrement les hommes âgés et les hommes obèses), mais aussi chez les femmes. De plus, à l’inverse des résultats de l’analyse classique « observationnelle », la RM indiquait un effet néfaste de la SHBG, chez les hommes ; ce qui pourrait s’expliquer par la diminution de la testostérone « libre » chez les hommes ayant un niveau plus élevé de SHBG. Légende Figure : Résultats des différents modèles de Randomisation Mendélienne Multivariés (MVMR),après exclusion des polymorphismes (SNPs) pléiotropiques identifiés par MR-PRESSO, pourl’effet de la testostérone totale (TT) et de la SHBG sur la Capacité Vitale Forcée (FVC), chez les hommes et les femmes de la cohorte UKBiobank. La figure montre l’effet indépendant d’une augmentation de 10% de testostérone ou de SHBG sur la FVC. Pour comparaison, les données de l’analyse classique sont donnés également. FE-IVW: fixed effect inverse variance weighted meta-analysis; RE-IVW: random effect inverse variance weighted meta-analysis; 2SLS: two-stage least squares. Observational analysis: Modèle de régression linéaire ajusté. Contact : benedicte.leynaert@inserm.fr
Malgré l'essor des modèles d'apprentissage automatique, une part importante des modèles de croissance des plantes demeure mécaniste, cherchant à atteindre une compréhension approfondie des phénomènes sous-jacents qui régissent la dynamique du système. L'élaboration de ces modèles implique généralement une estimation des paramètres à partir de données. Il est crucial de s'assurer que les paramètres estimés soient en adéquation avec leurs valeurs "réelles" puisqu'ils portent une interprétation biologique, ce qui conduit au défi de l'unicité des solutions. L'analyse de l'identifiabilité structurelle aborde cette question sous l'hypothèse d'observations parfaites de la dynamique du système, tandis que l'identifiabilité pratique prend en compte les mesures limitées et le bruit associé. Dans la littérature, le concept et la quantification de l'identifiabilité pratique manquent de consensus, avec plusieurs indices coexistant. C’est dans ce contexte que Jean Velluet, étudiant en Parcours Recherche à CentraleSupélec, Véronique Letort, maîtresse de conférences au laboratoire Mathématiques et Informatique pour la Complexité et les Systèmes - MICS (CentraleSupélec/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et Antonin Della Noce, post-doctorant, ont proposé un cadre unifié pour formaliser l’identifiabilité pratique, rendant compte de différentes méthodologies. Ce travail, publié dans Plant Phenomics, a permis de comparer et d'étendre trois méthodes d’analyse d’identifiabilité pratique largement utilisées dans la communauté : les indices de colinéarité, le profil de vraisemblance et l’erreur relative d’estimation. Leur travail souligne l’importance de l’analyse d’identifiabilité pratique dans le processus de modélisation du système et de la mise en œuvre du plan expérimental pour le caractériser. Légende Figure : Illustration du problème d'identifiabilité pratique pour une modélisation d'une épidémie dans une population de plantes. Deux configurations distinctes du taux d'infection mu et du taux de mortalité d mènent à une dynamique similaire de la proportion d'infectés au cours du temps. Contact: antonin.della-noce@centralesupelec.fr ou veronique.letort@centralesupelec.fr
FUS et TDP-43 sont deux protéines de liaison à l'ARNm hébergeant des domaines enclins à s’auto assembler et dont les mutations pathologiques sont liées la progression de maladies neurodégénératives. Alors que TDP-43 et FUS forment des compartiments réversibles riches en ARNm dans le noyau, les mutations pathologiques favorisent leur agrégation cytoplasmique respective dans les neurones indépendamment l’une de l’autre. En combinant des analyses dans un contexte cellulaire et d’autres à haute résolution in vitro, les chercheurs du laboratoire SABNP (Université d’Évry Paris-Saclay, Evry) ont découvert que TDP-43 est spécifiquement recrutée dans les assemblages de FUS pour former des sous-compartiments riches en TDP-43, mais sans réciprocité. La présence d'ARNm permet d’augmenter la proportion de TDP-43 miscible dans les compartiments de FUS. En conséquence, ils ont également constaté que la forme pathologique tronquée de TDP-43, le TDP-25, dont la capacité de liaison à l’ARN est altérée, ne se mélange plus avec FUS. Dans leur ensemble, ces résultats, publiés dans Journal of Biological Chemistry, suggèrent que la liaison de FUS le long des ARNm naissants permet à TDP-43, qui est très sujet à l'agrégation, de s’incorporer dans la phase riche en FUS pour former des sous-compartiments riches en ARNm. Ce lien fonctionnel entre FUS et TDP-43 pourrait expliquer leur implication commune dans la sclérose latérale amyotrophique. Contact : loic.hamon@univ-evry.fr
Portrait Jeune Chercheur – Philémon Marcel-Millet, chercheur en physiologie de l’exercice
Après un cursus en STAPS, dans la filière entrainement sportif, Philémon Marcel-Millet a réalisé sa thèse au sein du laboratoire Culture, Sport, Santé, Société de Besançon. Ses travaux de thèse portaient sur les réponses psychophysiologiques des sapeurs-pompiers lors des interventions de lutte contre l’incendie. Les recherches qui ont été menées ont notamment mis en évidence les perturbations que pouvaient engendrer les missions et gardes des pompiers sur leur système nerveux autonome. A l’issue de sa thèse, Philémon a poursuivi ses activités d’enseignement et de recherche en tant qu’Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche, toujours au sein de l’UFR STAPS de Besançon. Durant ces deux années, Philémon est parti plusieurs mois au Canada (à Trois-Rivières au Québec puis à Oshawa dans l’Ontario). Ces expériences lui ont permis de poursuivre ses activités de recherche sur les pompiers : étude de la santé cardiovasculaire des pompiers québécois et des contraintes cardiovasculaires lors d’interventions simulées ; mesure de l’impact du froid sur les réponses physiologiques des pompiers ; évaluation de stratégies de gestion du stress sur la récupération. A son retour du Canada, Philémon a intégré l’Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA) au sein de l’unité Physiologie de l’Exercice et des Activités en Conditions Extrêmes, en tant que chercheur postdoctoral. Il est membre du Laboratoire de biologie de l’exercice pour la performance et la santé (LBEPS) (UPSacay/UEVE/IRBA, Evry) et travaille sur la thermorégulation dans le coup de chaleur d’exercice en milieu militaire. Lors de ses travaux, des tests de tolérance à la chaleur sont réalisés sur des militaires ayant présenté des coups de chaleur d’exercice. L’objectif est de mettre en relation des biomarqueurs circulants avec les caractéristiques fonctionnelles de thermorégulation des militaires. En parallèle, Philémon codirige un étudiant en doctorat à l’Université du Québec à Trois-Rivières, avec pour objectif d’explorer différents protocoles d’acclimatation à la chaleur adaptés aux contraintes des pompiers. « La technologie est le trou du cul de la science » - Romain Gary Contact : philemon.marcel.millet@gmail.com
Développer et expliciter dans un langage accessible au grand public leur sujet de thèse en trois minutes chrono et une seule slide, tel est le défi qu’ont relevé treize doctorant.es lors de la finale « Ma thèse en 180 secondes » de l’Université Paris-Saclay qui s’est déroulée devant une salle comble jeudi 14 mars 2024. Noëlla Grossi a reçu le prix du public pour sa thèse « Identification de mécanismes de compensation impliqués dans la physiopathologie de la myopathie des ceintures de type R2 ». Noëlla Grossi est doctorante au Laboratoire laboratoire I-Stem (UPSaclay/INSERM/Univ. d’Evry). Le prix du jury a été décerné à Gaspard Fougea, pour sa thèse « Modèles formels pour la conscience : de l’expérience subjective aux algorithmes cognitifs ». Il est doctorant au laboratoire de Méthodes Formelles (LMF- Univ. Paris-Saclay / CNRS / ENS Paris-Saclay / CentraleSupélec / Inria). Les deux lauréats participeront à la demi-finale nationale du concours qui se déroulera fin mars 2024. Cette année encore, la finale était présentée par Daniel FIEVET et retransmise sur la chaine youtube de l’Université Paris-Saclay Lire la suite de l’Actu UPSaclay
La Graduate School « Health and Drug Sciences » (HeaDS) organise sa Journée Scientifique le 02 avril 2024 dans le bâtiment Henri MOISSAN (Orsay - Plateau du Moulon). Elle est dédiée aux Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Chaire de Professeur Junior récemment recrutés et aux Lauréats des Prix de thèse de la GS HeaDS. L'objectif de cette rencontre est d'abord de faire connaissance, d'échanger et de donner l'opportunité aux jeunes Chercheurs et jeunes Docteurs de se présenter et de présenter leurs travaux de recherche. Vous aurez également l'occasion de suivre les conférences des Pr. Djillali Annane (de l’unité Infection & Inflammation – 2I INSERM/UVSQ/UPSaclay) et Dr. Frédéric Taran (DMTS/SCBM-CEA-UPSaclay). Voir programme ci-dessus. Inscription obligatoire
Les plateformes omiques végétales du plateau de Saclay organisent les 24 et 25 juin 2024 un colloque dédié aux approches qu’elles développent : "Les Journées des Omiques Végétales". Ces journées, qui se dérouleront sur le campus de l'IPS2, sont ouvertes à toutes les personnes intéressées par ces approches et les outils développés par nos plateformes. Ce colloque sera articulé autour de présentations entre le 24 juin après-midi et le 25 juin, couvrant les différentes technologies proposées par les plateformes, des projets innovants menés par des utilisateurs en collaboration avec nos plateformes et aussi les derniers développements technologiques du domaine. Une visite des Plateformes et des discussions avec leurs membres vous sont proposées le 25 juin après-midi. Les inscriptions sont gratuites mais obligatoires en suivant le lien INSCRIPTION. Contact : francoise.gilard@ips2.universite-paris-saclay.fr
La Graduate School Life Sciences and Health (GS LSH) organise sa 7ème journée scientifique intitulée "GS LSH Cancer day" le vendredi 31 mai 2024 à la Faculté de Médecine du Kremlin-Bicêtre (63 Rue Gabriel Péri, 94270 Kremlin-Bicêtre, Nouveau Bâtiment de Recherche) et en visioconférence de 9h00 à 17h30.
Cette année, le DNA DAY se tiendra à Genopole, le seul site français avoir participé au "Human Genome Project" à travers les travaux du Genoscope-Centre national de séquençage. - Quand ? Jeudi 25 avril 2024 à partir de 9h30
- Où ? GIP Genopole, 20 rue Henri Desbruères, 91000 Ery-Courcouronnes
Le DNA Day, célébré le 25 avril chaque année, commémore la découverte historique de la structure de l'ADN par James Watson et Francis Crick en 1953, ainsi que l'achèvement du Human Genome Project humain en 2003. C'est une journée dédiée à la science de la génétique et à la compréhension de notre code génétique. Genopole, un biocluster dédié aux biotechnologies et à la recherche en génomique, offre un environnement propice à l'innovation et à la collaboration entre les scientifiques, les entreprises et les institutions académiques tel que le Genoscope. DNA DAY est l'opportunité de souligner l'impact positif de tous les acteurs oeuvrant dans la recheche en génomique tel que Genopole et le Genoscope sur la santé humaine et les progrès en génétique. Le DNA DAY 2024 est organisé en partenariat avec DNA Script, Medicen et Genopole.
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